Поражение России в Крымской войне наглядно продемонстрировало ветхость её военной машины и необходимость всеобъемлющего реформирования. Доклад Военного министерства от 15.01.1862 года ставил следующие задачи:
- Превратить резервные войска в боевой резерв, обеспечить пополнение ими состава действующих войск и освободив их от обязанности обучать в военное время рекрутов.
- Подготовку рекрутов возложить на запасные войска, обеспечив их достаточными кадрами.
- Всех заштатных «нижних чинов» резервных и запасных войск, в мирное время считать в отпуску и призывать только в военное время. Рекрутами пополнять убыль в действующих войсках, а не формировать из них новые части.
- Сформировать для мирного времени кадры запасных войск, возложив на них гарнизонную службу, расформировать батальоны внутренней службы.
Быстро внедрить эту организацию не удалось, и лишь с 1864 года была начата планомерная реорганизация армии и сокращение численного состава войск.
К 1869 году было завершено приведение войск на новые штаты. При этом общее количество войск в мирное время по сравнению с 1860 годом сократилось с 899 тыс. чел. до 726 тыс. чел. (в основном за счёт сокращения «небоевого» элемента). А количество резервистов в запасе увеличилось с 242 до 553 тыс. чел. При этом с переходом на штаты военного времени новых частей и соединений теперь не формировалось, а части разворачивались за счёт резервистов. Все войска могли теперь быть доукомплектованы до штатов военного времени за 30—40 дней, в то время как в 1859 году на это требовалось 6 месяцев.
Новая система организации войск содержала и ряд недостатков:
- Организация пехоты сохранила деление на линейные и стрелковые роты (при одинаковом вооружении смысла в этом не было).
- Артиллерийские бригады не были включены в состав пехотных дивизий, что отрицательно влияло на их взаимодействия.
- Из 3-х бригад кавалерийских дивизий (гусарской, уланской и драгунской), только драгунские были вооружены карабинами, а остальные не имели огнестрельного вооружения, в то время, как вся кавалерия европейских государств была вооружена пистолетами.
В мае 1862 года Милютин представил Александру II предложения под заглавием «Главные основания предполагаемого устройства военного управления по округам». В основе этого документа лежали следующие положения:
- Уничтожить деление в мирное время на армии и корпуса, высшей тактической единицей считать дивизию.
- Разделить территорию всего государства на несколько военных округов.
- Во главе округа поставить начальника, на которого возложить надзор за действующими войсками и командование местными войсками, а также поручить ему заведование всеми местными военными учреждениями.
Уже летом 1862 года вместо Первой армии были учреждены Варшавский, Киевский и Виленский военные округа, а в конце 1862 года — Одесский.
В августе 1864 года было утверждено «Положение о военных округах», на основании которого Командующему войсками округа подчинялись все расположенные в округе воинские части и военные учреждения, таким образом он становился единоличным начальником, а не инспектором, как это планировалось раньше (при этом все артиллерийские части в округе подчинялись непосредственно начальнику артиллерии округа). В пограничных округах на Командующего возлагались обязанности генерал-губернатора и в его лице сосредотачивалась вся военная и гражданская власть. Структура окружного управления осталась без изменений.
В 1864 году было создано ещё 6 военных округов: Петербургский, Московский, Финляндский, Рижский, Харьковский и Казанский. В последующие годы были образованы: Кавказский, Туркестанский, Оренбургский, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский военные округа.
В результате организации военных округов создалась относительно стройная система местного военного управления, устранила крайнюю централизацию Военного министерства, функции которого были теперь в осуществлении общего руководства и наблюдения. Военные округа обеспечивали быстрое развёртывание армии в случае войны, при их наличии стало возможно приступить к составлению мобилизационного расписания.
Параллельно шла реформа самого военного министерства. По новому штату состав Военного министерства был уменьшен на 327 офицеров и 607 солдат. Значительно сократился и объём переписки. Как положительное можно отметить и тот факт, что военный министр сосредоточил в своих руках все нити военного управления, однако войска не находились в полном его подчинении, так как начальники военных округов зависели непосредственно от царя, который и возглавлял верховное командование вооружёнными силами.
Вместе с этим организация центрального военного управления содержала в себе и ряд других слабых сторон:
- Структура Главного штаба была построена таким образом, что функциям собственно генерального штаба отводилось немного места.
- Подчинение главного военного суда и прокурора военному министру означало подчинение судебных органов представителю исполнительной власти.
- Подчинение лечебных заведений не главному военно-медицинскому управлению, а начальникам местных войск, отрицательно влияло на постановку лечебного дела в армии.
Выводы организационных реформ вооружённых сил, проведённых в 60—70-х годах XIX века:
- На протяжении первых 8 лет Военному министерству удалось осуществить значительную часть намеченных реформ в области организации армии и управления войсками.
- В области организации армии была создана система, способная в случае войны увеличить численность войск, не прибегая к новым формированиям.
- Уничтожение армейских корпусов и сохранённое деление пехотных батальонов на стрелковые и линейные роты имело отрицательное значение в плане боевой подготовки войск.
- Реорганизация Военного министерства обеспечила относительное единство военного управления.
- В результате проведения военно-окружной реформы были созданы местные органы управления, устранена излишняя централизация управления, обеспечивалось оперативное управление войсками и их мобилизация.
Из Устава о воинской повинности