Данный заповедник был создан с целью сохранения биологического разнообразия и водных артерий Кемеровской области. 27 декабря 1989 года Правительство РСФСР постановило о необходимости создания «Кузнецкого Алатау». Спустя четыре года, 28 сентября 1993 г., глава Кемеровской области вынес решение об обозначении границ данного заповедника. В 1995 году была установлена площадь охранной территории - 8000 гектар. Сейчас его общая площадь составляет уже 412 900гектар.