После училища направлен в 58-й армию Северо-Кавказского военного округа,
где назначен командиром гаубичного самоходно-артиллерийского взвода,
располагавшегося в Кабардино-Балкарии. Через год, в июне 2003 года назначен
командиром гаубичной самоходно-артиллерийской роты.
В 2005 году произведён в капитаны. В декабре 2009 года назначен помощником командира
батальона по артиллерии. С 2005 по 2009 год неоднократно направлялся
в Цхинвал (Южная Осетия) в состав миротворческого контингента
Вооружённых Сил Российской Федерации. В июле 2009 года назначен командиром
гаубичной артиллерийской батареи (г. Гюмри, Республика Армения).
В декабре 2015 года назначен начальником разведки штаба
гаубичного самоходно-артиллерийского дивизиона Западного военного округа. Весной 2016 года командирован в Сирийскую Арабскую Республику в состав российского воинского контингента.
3 июня 2016 года в районе города Пальмира капитан Ахметшин принял
бой один против двух сотен экстремистов. Его нашли еще живого –
с гранатой без чеки - он был готов умереть, чтобы не попасть в плен.
Вокруг него уже горела земля. Капитан получил три ранения и потерял
слишком много крови. Лишь когда гранату забрали свои, он упал лицом
прямо в огонь. .
Похоронен 6 июня 2016 года в деревне Атабаево Лаишевского района
Республики Татарстан.
Указом Президента Российской Федерации от 23 июня 2016 года
капитану Ахметшину «за мужество и героизм при выполнении
специальных задач» посмертно присвоено звание
Героя Российской Федерации.
31 августа в Казанском кремле состоялось вручение медали
«Золотая Звезда» семье героя.
Казанской средней школе № 113 присвоено имя Героя России
Марата Ахметшина .
У Марата Ахметшина остались жена, Гузель Ахметшина,