В развёртывании партизанского движения заметную роль сыграло созданное в 1941 г. 4-е управление НКВД СССР под руководством П.Судоплатова. Ему подчинялась Отдельная мотострелковая бригада особого назначения НКВД СССР, из состава которой формировались разведывательно-диверсионные отряды, забрасываемые в тыл врага, которые пытались организовывать, либо пополняли партизанские отряды. Главным стимулом к возникновению партизанского движения, по мнению историка Олега Будницкого, был личный опыт знакомства населения с «немецкими порядками»[3], в число которых входил угон граждан СССР на работу в Германию, историк Борис Ковалев в своих интервью, лекциях и книгах, например, «Повседневная жизнь населения России в период нацистской оккупации», также отмечал затянувшееся образование советских партизанских отрядов, часто из-за выжидательных настроений большей части населения оккупированных территорий.
30 мая 1942 г. был создан Центральный штаб партизанского движения (в 1942—44 начальник штаба — П. К. Пономаренко). Центральному штабу были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы партизанского движения, которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов. Создание штабов партизанского движения с чёткими функциями и улучшение связи с «Большой землёй» придавали партизанскому движению всё более организованный характер, обеспечивали большую согласованность действий партизанских сил и способствовали улучшению их взаимодействия с войсками.
Состав и организация партизанских формирований, несмотря на их разнообразие, имели много сходного. Основной тактической единицей являлся отряд, насчитывавший обычно несколько десятков человек, а позже — до 200 и более бойцов. В ходе войны многие отряды объединялись в соединения (бригады) численностью от нескольких сот до нескольких тысяч человек. В вооружении преобладало лёгкое оружие (автоматы, ручные пулемёты, винтовки, карабины, гранаты), но многие отряды и соединения располагали миномётами и станковыми пулемётами, а некоторые — артиллерией. Все лица, вступавшие в партизанские формирования, принимали партизанскую присягу; в отрядах устанавливалась строгая воинская дисциплина.
В 1941—1942 смертность среди заброшенных НКВД в тыл противника групп составляла 93 %. Например, на Украине с начала войны и до лета 1942 г. НКВД было подготовлено и оставлено для действий в тылу 2 партизанских полка, 1565 партизанских отрядов и групп общей численностью 34 979 человек, а к 10 июня 1942 на связи осталось всего 100 групп, что показало неэффективность работы больших подразделений, особенно в степной зоне. К концу войны смертность в партизанских отрядах составляла около 10 %.[4]
На формы организации партизанских сил и способы их действий влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в том числе открытые бои с противником. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
6 сентября 1942 года была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б) Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Им было внесено предложение о создании в тылу немецких войск регулярной партизанской армии. Организация, подготовка и ведение партизанских действий по замыслу маршала должны были стать составной частью военных действий РККА в оперативном и стратегическом масштабе. Однако уже 11 ноября пост Главнокомандующего был упразднен, а центральный штаб партизанского движения в качестве военно-оперативного органа партии подчинен непосредственно Ставке Верховного Главнокомандования.
